La Secretaría Académica depende jerárquicamente del Director, y, entre sus principales atribuciones están: apoyar al Titular para el mejor funcionamiento del Instituto, atender la correspondencia de éste, dar seguimiento a los procedimientos relativos a prácticas profesionales y servicio social, colaborar con la logística de las capacitaciones y actualizar la base de datos respectiva, así como supervisar el funcionamiento de la biblioteca.